Своеобразной уникальной художественной коллекцией ВОКГ является масштабное и разностороннее по стилистике собрание русского книжного знака или экслибриса. Экслибрисное творчество является важной составной частью Вологодской графики, зародившись в 1910-1920-х годах и получив наибольшее развитие в произведениях 1960- 1980-х годов А.Т. Наговицына, Г.Н.и Н.В. Бурмагиных, В.А. Сергеева, Л.И. Щетнева. Видным знатоком и исследователем книжного знака является первый директор-профессионал ВОКГ С.И. Ивенский, организовавший в галерее в 1960- начале 1970-х годов большую серию персональных и тематических выставок ведущих мастеров отечественного и зарубежного экслибриса.
Формирование коллекции экслибриса в ВОКГ началось в 1962 году после проведения в галерее первой выставки книжного знака из коллекции П.Е. Корнилова. В галерее были организованы экспозиции мастеров русской и зарубежной гравюры малых форм К.С. Козловского, А.И. Юпатова, В.А. Фролова, А.И. Калашникова, Г.А. Кравцова, М.С. Чураковой, Р. Вольфа, В. Клемке, Г. Годуэна и многих других. После первой специализированной выставки «Вологодская графика» в 1965 году в галерее постоянно выставляли. Исследовали, публиковали и собирали экслибрисы Н.П. Дмитревского, И.И. Варакина, Г.Н. и Н.В. Бурмагиных, А.Т. Наговицына,, В.А. Сергеева, Л.Н. Щетнева, всей большой плеяды художников-графиков Российского Севера.
Новый подъем интереса к экслибрису в Вологде пришелся на 1980-е годы, когда в 1981 году в ВОКГ работал специализированный Клуб любителей книжного знака-экслибриса». За 10 лет своей работы этот клуб сумел сформировать в Вологде творческое ядро художников и коллекционеров книжного знака в лице Л.Н. Щетнева, Е.А. Лебедева, Д.В. Медведева, А.М. Богдановой и С.В. Борисова, Н.П. Михеева, Ю.П. Малоземова, чьи произведения и собрания пополняли эклибрисный фонд ВОКГ.
С 1998 по 2008 год при ВОКГ действовал Вологодский городской клуб коллекционеров, в рамках которого с самого основания существовала секция любителей книжного знака. С 2004 года в Вологде на базе ВОКГ проводятся Всероссийские конгрессы и Всероссийские выставки экслибриса (I конгресс – 2004, II конгресс- 2007, III конгресс – 2011, IV конгресс – 2013, V конгресс – 2015 (планируется). После каждого конгресса все книжные знаки, экспонировавшиеся на Всероссийских выставках экслибриса в Вологде, поступают в дар ВОКГ. Решающее значение для формирования общероссийского характера коллекции книжного знака ВОКГ приобрело поступление в галерею целостных, специализированных собраний экслибриса от А.М. Богдановой и С.В. Борисова, В.В. Гуры из Вологды, Е.Е. Фриндлянда из Санкт-Петербурга, В.М. Бакуменко из Москвы, М.В. Трухницкого из Красноярска. Ценные экслибрисные материалы поступили в галерею в составе коллекций В.В. Воинова, И.Г. Мямлина, и В.В. Худолея из Санкт-Петербурга, О.Н. Мишиной и М.М. Верхоланцева, Л.Ф. Дьяконицына из Москвы, Г.Н. Бурмагиной из Вологды.
Своеобразие экслибрисной коллекции ВОКГ в том, что она включает в себя полное собрание как классиков современного российского книжного знака А.И. Калашникова, К.С. Козловского, Г. А. Кравцова, М.М. Верхоланцева, так и активно работающих современных мастеров Н.И. Казимовой, Ю.К. Люкшина и Н.А. Саутина из Санкт-Петербурга, В.В. Зуева и Е.А. Бортникова из Нижнего Тагила, О.А. Самосюк из Уфы, Д.П. Реутова из Ярославля, Ю.А. Ноздрина и О.А. Келейниковой из Москвы.
В настоящее время в структуре ВОКГ активно функционирует экспозиционно-хранительское и научно-исследовательское направление в области современного российского эклибриса. В его перспективных задачах видится формирование целостной коллекции отечественного книжного знака ХХ века и подготовка генерального каталога русского экслибриса двадцатого столетия, регулярное проведение выставок мастеров книжного знака, создание постоянно - действующей экспозиции экслибриса с открытым фондом книжных знаков и доступной для всех желающих специализированной экслибрисной библиотекой.